Movie được chuyển thể từ vol 4 light novel cùng tên của tác giả Tanigawa Nagaru. Câu truyện xoay quanh việc Kyon bị lạc vào một thế giới mà Haruhi - thủ lĩnh SOS Dan đã tạm thời biến mất. Mikuru thì như chưa từng quen biết cậu, Koizumi cũng mất tích cùng lớp 1-9 một cách bí ẩn, còn Yuki lại là thành viên duy nhất CLB Văn Học. SOS Dan và Haruhi hoàn toàn bị quên lãng. Và Kyon đã quyết định lên đường tìm hiểu sự thật đằng sau sự việc này.....