Vào năm Regild Century 1014, toàn bộ thiên niên kỷ đã trôi qua kể từ khi kết thúc Thế kỷ huyền thoại, nơi các huyền thoại như Amuro Ray và Char Aznable cai trị chiến trường với tư cách là phi công phù hợp với thiết bị di động. Bề mặt Trái đất từng bị tranh cãi gay gắt hiện nay hầu hết bị bỏ hoang, với loài người thích sống ở các thuộc địa không gian và bề mặt của mặt trăng. Bellri Zenam, sinh viên Học viện Bảo vệ Thủ đô, sống một cuộc sống học tập yên bình, nhưng những ngày bình thường của anh đã chấm dứt với việc bắt giữ phi công cướp biển Aida Surugan và bộ đồ di động G-Self của cô. Bellri cảm thấy một kết nối tinh thần mạnh mẽ với G-Self và phát hiện ra rằng anh ta có thể điều khiển nó. Anh ta sớm thấy mình ganh đua với "Đội bảo vệ thủ đô", một phe cực đoan theo chương trình nghị sự bí mật của riêng mình bất chấp mong muốn của Quân đội Amerian, người vẫn nắm giữ quyền lực trên Trái đất. Tham gia phi hành đoàn của tàu vũ trụ Amerian Megafauna, Bellri và Aida phải điều khiển G-Self để giành chiến thắng trước Lực lượng bảo vệ thủ đô và các nhà lãnh đạo của nó, Đại tá lôi cuốn Kunpa Rushita và Mặt nạ thuyền trưởng bí ẩn.
