Neon Genesis Evangelion Movie 3: You Are (Not) Alone ,
Ikari Shinji là một cậu thiếu niên 14 tuổi đã mất mẹ và phải sống xa bố. Một ngày kia cậu được bố gọi đến Tokyo-3 với mục đích để gia nhập NERV, một tổ chức bán quân sự chống chọi lại các sinh vật khổng lồ ngoài không gian có tên gọi Angel. Tại đây Shinji phải điều khiển Evangelion, một cỗ máy chiến đấu dạng người mà chỉ có những đứa trẻ đặc biệt được lựa chọn mới có thể điều khiển được. Nhưng sứ mệnh càng khó khăn hơn khi kẻ thù lớn nhất của Shinji lại là chính bản thân nhu nhược của mình.